В последние дни Второй мировой войны камикадзе Коити Сикисима приземлился на острове Одо, где находилась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на них напал огромный ящер Годзилла, которого местные жители называли своим божеством.

Коити возвращается в разрушенный бомбардировками Токио, где он теряет родителей и свой дом. Он пытается найти новую жизнь, но его подбадривает девушка, которая тоже потеряла семью и спасла младенца во время воздушного налёта. Постепенно жизнь Коити налаживается, он работает в команде по обезвреживанию мин в Токийском заливе. Однако однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё больше и свирепее.